Les échanges de produits entre Orient et Afrique ont apporté richesse et importance politique à certaines cités. En Nubie, des sites comme Sayala ou Qustul, dans le Delta, des cités révélées par les sites de Tell el-Farkha ou de Maâdi, ou dans la vallée, avec Éléphantine, Edfou, Hiérakonpolis, Gebelein, Naqada, Coptos, Abydos sont autant de relais des échanges commerciaux, dont certains prennent l’éminence.
Dans un premier temps, Naqada (noubet – celle de l’or) était située à l’entrée d’un ouadi conduisant à des mines d’or s’impose. C’est là que l’on a mis au jour la 1e occurrence de la couronne rouge (tombe 1610). Pourtant, elle se fait évincée par Hiérakonpolis qui, située au sud, semble s’allier à Abydos qui prendrait le relais au nord selon les graffiti retrouvés dans le Djebel Tjaouty reliant les deux villes. Hiérakonpolis devient la capitale historique du sud et fouillé depuis longtemps par Renée Friedman, nous livre des informations toujours plus intéressantes et consistantes. Pour le nord, curieusement ce sont les fouilles de K. Cialowicz de Tell el Farkha qui sont les plus révélatrices de l’unification culturelle alors que la mémoire collective retient Bouto comme capitale. Puis, suite à cette 1e phase d’unification culturelle, l’unification politique est réalisée : l’Égypte pharaonique est née, on entre dans la période du protodynastique. Le document le plus parlant est la fameuse palette de Narmer, premier document mentionnant un roi égyptien porteur des deux couronnes (Musée du Caire). C’est ainsi que la transition s’est opérée entre le prédynastique les « dynasties 00 et 0 » et la première proto dynastie, la dynastie 1.
